Inspiré des Mémoires de Sally Perel, Europa Europa raconte l'itinéraire d'un jeune juif contraint pendant la guerre d'épouser l'idéologie communiste lorsqu'il fuit en Union soviétique, puis celle du nazisme lorsque les Allemands envahissent l'orphelinat où il est réfugié.
Il en oublie sa propre identité et, pour sauver sa vie, il devient même le meilleur élément d'une école d'élite pour la jeunesse allemande.